Dans la première quinzaine d’avril, le personnel du ministère hongrois de l’Intérieur, des officiers SS, des gendarmes et des policiers se réunirent pour discuter du sort des Juifs hongrois. Ils décidèrent de purifier la zone de ses Juifs et détaillèrent comment ils parviendraient à atteindre cet objectif : concentration des Juifs, vol de leurs biens et déportation hors des frontières hongroises. László Baky, vice-ministre hongrois de l’Intérieur au département politique, résuma la réunion du 4 avril dans un document détaillé. Le 15 avril, une discussion eut lieu à Munkács en présence de Dieter Wislieceny, l’un des hommes d’Adolf Eichmann, sur la ghettoïsation des Juifs de la ville. Eichmann lui-même vint visiter le ghetto de Munkács fin avril, accompagné de László Endre, vice-ministre hongrois de l’Intérieur au département de l’organisation.
Immédiatement après Pâque, le 18 avril, le Judenrat diffusa dans les rues de Munkács un tract en hongrois enjoignant l’entrée forcée de la population juive dans le ghetto. Quelques quartiers de la ville étaient destinés aux Juifs. Ils n’étaient autorisés à emporter que quelques objets dans le ghetto : deux tenues de vêtements, des lits pliants, de la nourriture et un bagage supplémentaire pouvant aller jusqu’à 50 kg. Les Juifs reçurent l’ordre de verrouiller leurs appartements et de mettre les clés dans une enveloppe sur laquelle ils devaient écrire leur ancienne adresse et leur nouvelle adresse dans le ghetto. Les enveloppes étaient remises au Judenrat. Les appartements vides furent pillés le jour de l’expulsion des Juifs. Lorsque des représentants des autorités vinrent un mois plus tard faire l’inventaire du contenu des maisons, ils trouvèrent la plupart d’entre elles totalement dépouillées.
En seulement deux jours, le transfert de tous les Juifs de Munkács vers le ghetto fut achevé, à l’exception de quelques dizaines de Juifs « privilégiés » – ceux qui avaient reçu des médailles de bravoure pour leur service dans l’armée hongroise pendant la Première Guerre mondiale. Les Juifs y vécurent dans des conditions de pauvreté terribles, souffrant de cruauté, de mauvais traitements quotidiens et de travaux forcés dans la ville. Le premier Shabbat après l’entrée des Juifs dans le ghetto, plusieurs centaines de Juifs furent rassemblés et reçurent l’ordre de détruire les synagogues de la ville.
Les affaires intérieures du ghetto étaient gérées par les membres du Judenrat. Ils vivaient avec leurs familles dans un quartier spécial du ghetto, où se trouvait l’hôpital juif. La plupart des memebres du Judenrat de Munkács étaient des dirigeants de la communauté avant l’arrivée des Allemands, et la grande majorité remplit son rôle difficile tout en s’efforçant de maintenir ses responsabilités envers la communauté. Les autorités d’occupation les maintèrent dans leurs fonctions jusqu’à la fin des déportations, avant d’être déportés à leur tour.
Le président du Judenrat était Shandor Steiner et ses membres étaient Siegelstein, Oszkár Klein, Ferenc Áron, János Morvai et Mendel Eisenstätter.
